1.研究开发人员的判定。企业研发人员工资薪酬在整个研发费用中占有较大比重，因而，准确界定研发人员，对认定专项审计来说非常重要。但审计过程中，对企业研发人员的判定存在一定难度，有时很难判定究竟哪些人员属于研发人员。比如，许多企业未按部门核算工资，员工聘任合同中也未注明具体岗位。又比如，一些研发人员经常参与企业的日常生产管理，往往具有双重“身份”。企业研发人员不能准确划分，其人工成本就容易和企业其他人员的人工成本相混淆，从而给认定审计后续工作带来困难。
2.研发费用的归集与分配。一些会计师事务所在审计中发现，认定企业在研发费用的归集与分配上存在以下问题：
（1）研发费用未与其他生产经营支出相区分。不少企业没有专门的研发机构，研发费用与日常生产经营支出混在一起，未作任何区分。即使设有专门研发部门的企业，其研发费用也往往不单独核算、列示。也有一些企业将与科研项目有关联，但不能算作项目投入的支出直接归集到研发费用中。
（2）研发费用未按项目进行明细核算。一些企业没有建立与研究开发相关的内部控制制度，在研发费用的日常会计核算上，不少企业通常只设置研发费用总账，并未按研发项目设立明细账进行明细核算。但在出具认定专项审计报告时，需要提供每一个研究开发项目的具体研究开发费用金额。因此，在核定研发费用时，就需要对认定企业的研发费用重新按照项目进行分类核算，逐项加以认定，给审计人员增加了不少工作量。同时，也对其专业胜任能力提出了很高的要求。尤其在企业高新技术项目较多的情况下，分项核算认定就显得更为繁琐。
（3）研发费用分配标准有时难以合理确定。在《高新技术企业认定管理工作指引》中，并没有给出研发费用在各项目间分配的具体标准。不少企业和事务所反映，研发费用分配标准的合理确定有时比较困难。主要体现在：①企业多个研发项目共用一些研发设备与仪器，折旧费用在各项目间的分摊依据不好确定。②企业存在多个研发项目，但没有研发人员明确的项目分工，也没有其详细的考勤记录，研发人员的人工支出在各项目间的分摊标准很难确定。③研发费用往往按人为估计的比例分摊，科学与否往往很难确定。由于研发费用在各项目间的分配存在较大的难度，不少认定企业在研发费用分配标准的具体确定上过于随意。
3.高新技术产品（服务）收入的确认。不少事务所反映，《管理工作指引》对高新技术产品（服务）收入的界定不够具体细致，只是明确了相应的概念，并未给出具体的确认标准。在执业过程中，高新技术收入的确认存在一定困难，尤其对高新技术产品收入往往拿不准。比如，中间产品（服务）收入是否属于高新技术产品（服务）收入；科技开发型企业收到的相关部门的课题经费,该如何确认收入。又比如，研发项目往往有许多辅助人员参与，其工资是否计入研发人员的人工成本。
另外，《管理办法》中提到，提出认定申请的企业，其高新技术产品（服务）收入应当占当年总收入的60%以上。但《管理办法》并未阐明总收入的具体内涵（比如是否包括投资收益、补贴收入和营业外收入等），容易引发歧义。
4.《管理办法》和《管理工作指引》的某些规定有待商榷。企业收入增长可能会出现负数，如果评价企业增长的指标（如资产增长率、收入增长率）过于硬性化，可能使一些很有潜力的企业被拒之门外；在研发项目的技术判定上，讲述得不够具体、细致，对有关指标的计算也规定得比较模糊，审计人员较难判定企业的在研项目是否确为高新技术项目。
5.高新技术企业认定的宣传力度不够。由此造成的情况是：一方面，不少企业误认为高新技术企业认定的门槛较高而不敢申报。另一方面，企业对认定专项审计重视不够、不得要领，对相关政策的了解不够积极、主动。
另外，注册会计师不是高新技术领域方面的专家，往往无法识别费用是否真正用于研发活动，产品（服务）的生产与提供是否确实利用了高新技术。对特殊领域和涉及国家机密的技术合同，企业通常不愿提供。个别科技园区对园内企业进行不同程度的干预，向他们推荐一些“关系事务所”，造成不少会计师事务所和申请企业工作的被动。
